КГП «Костанайский областной центр по профилактике и борьбе со СПИД» основанный в 1989 году является лечебно-профилактическим учреждением особого типа, деятельность которого направлена на организацию и координацию мероприятий по профилактике, диагностике и лечению ВИЧ-инфекции и СПИД в масштабах области.  Первым главным врачом и организатором службы в Костанайской области был Есенжолов Ормаш Казыбекович, который возглавлял центр СПИД более 10-ти лет до 1999 года. В последующем службу возглавляли:
- с 1999 по 2002 год - Курганов Кустан Курганович;
- с 2002 по 2003 год - Давыдов Юрий Алексеевич;
- с 2003 по 2006 год - Садвакасов Дулан Зейнуллаевич;
- с 2007 года по 2018 год - Тютенова Жанна Амангельдыевна;
- с 2018 года – Кузембаев Марат Серикбаевич;
- с 2023 года по настоящее время полномочия исполняющего обязанности главного врача возложены на Чижкова Андрея Григорьевича.
У истоков становления службы СПИД в Костанайской области был сформирован лечебный и эпидемиологический отделы. Ввиду отсутствия регистрации случаев в области, сотрудники отделов занимались профилактической работой среди населения.
 Собственное лабораторное отделение было организовано в 1994 году. Его первым руководителем была Мустафа Салима Сакановна. Лаборатория состояла из двух боксов с предбоксниками, автоклавной, моечной. Лаборатория функционировала в составе 3 сотрудников: 1 врач-лаборант, 2 лаборанта. В год выполняли 9000-10000 анализов на ВИЧ-инфекцию. В 1996 году был получен комплект ИФА полуавтоматический и с этого периода исследования проводились на высоко-технологичном оборудовании.