Первый случай ВИЧ-инфекции в Костанайской области был зарегистрирован в феврале 1993 года у иностранного гражданина. До 2000 гг. ВИЧ-инфекция находилась на начальной стадии эпидемии, ВИЧ регистрировался в ключевых группах и не превышал 5% ни в одной из групп. Уже в 2000 году в Костанайский области зарегистрирован 51 случай ВИЧ-инфекции среди потребителей инъекционных наркотиков и первые случаи при половых контактах.
С 2004 года руководствуясь международным опытом работы в области был открыт пункт доверия и обмена шприцев для потребителей инъекционных наркотиков, что позволило взять эпидемиологическую ситуация среди этой группы под контроль. Так же в 2004 году сформирован дружественный кабинет, который позволил повысить качество предоставляемых услуг ключевым группам населения.
С 2005 года внедрено и постоянно совершенствуется антиретровирусное лечение ВИЧ-инфицированным взрослым и детям в соответствии с международными стандартами, утвержденными в Республике Казахстан.
В 2009 году Костанайский областной центр СПИД получил собственное здание. С середины 2011 года было внедрено электронное слежение за случаями ВИЧ-инфекции в пределах одной базы данных, что позволяет в режиме реального времени отслеживать эпидемиологическую ситуацию по всей Республике Казахстан, а также в разрезе каждой области и отдельных административных территорий Республики Казахстан.
В 2014 году открыто отделение полимеразной цепной реакции, где проводят исследования с помощью самого чувствительного и специфичного метода современной диагностики.