Отдел профилактики осуществляет информирование населения о путях распространения и методах предупреждения заражения ВИЧ-инфекцией, организацию обучения специалистов различных ведомств, педагогов и учащихся школ, средних и высших учебных заведений, проведение санитарно-просветительной работы, издание и распространение информационно-образовательных материалов, проводит профилактические мероприятия и проводит оценку их эффективности.
Проводит профилактические мероприятия, направленные на предупреждение распространения ВИЧ-инфекции на территории Костанайской области, среди ключевых групп населения, уязвимых к ВИЧ.