Эпидемиологический  отдел осуществляет  систематический эпидемиологический  надзор, проводит полевую  профилактическую  работу за ВИЧ-инфекцией среди ключевых групп населения. Оценку распространенности ВИЧ среди лиц, употребляющих инъекционные наркотики, работников коммерческого секса, мужчин, имеющих секс с мужчинами. Устанавливает  контакты  с сообществами рискованного поведения.

Ведет  эпидемиологический  анализ  заболеваемости ВИЧ-инфекции и оценку эффективности проводимых противоэпидемических мероприятий на территории области.

Проводит  эпидемиологические  расследования  всех выявленных случаев ВИЧ-инфекции и организацию  мероприятий в очагах, выявление контактных лиц, мониторинг их обследования.

Проводит  мониторинг  скрининга населения на ВИЧ согласно действующих приказов.

Оказывает необходимую  методическую  и практическую  помощь  в деятельности Координационных советов и организация совместной работы с органами здравоохранения.

Оказывает  организационно-методическую  помощь  государственным организациям, ведомственным, НПО и общественным организациям в реализации профилактических мероприятий, а также подготовке педагогов, учащихся, родителей, подростков, волонтеров и молодежи по вопросам профилактики ВИЧ-инфекции;

Обеспечивает  реализацию  программ по противодействию эпидемии ВИЧ-инфекции совместно с государственными, международными и общественными организациями.
 Методическое руководство по обеспечению качества донорской крови, ткани, органов.

Проводит мониторинг обследования на ВИЧ реципиентов после гемотрансфузии и мониторинг обследования на ВИЧ лиц, пострадавших при аварийных ситуациях.