Деятельность организационно-методического отдела направлена:
1. Осуществление стратегического и оперативного планирования работы центра, организацию и взаимодействие с медицинскими организациями области, а также межведомственное взаимодействие по вопросам ВИЧ/СПИД;
2. Оказание консультативной, практической и организационно-методической помощи всем медицинским организациям области, независимо от форм собственности;
3. Оказание организационно-методической помощи государственным организациям, ведомственным, НПО и общественным организациям в реализации профилактических мероприятий, а также подготовке педагогов, учащихся, родителей, подростков, волонтеров и молодежи по вопросам профилактики ВИЧ-инфекции;
4. Оказание необходимой методической и практической помощи в деятельности Координационных советов и организация совместной работы с органами здравоохранения;
5. Проведение анализа полноты и качества отбора подлежащего контингента для обследования на ВИЧ по клиническим показаниям в медицинских организациях;
6. Участие в разработке межведомственных профилактических программ по проблеме ВИЧ-инфекции совместно с местными исполнительными органами, Управлением здравоохранения, различными ведомствами, общественными объединениями и др.
7. Обеспечение реализации программ по противодействию эпидемии ВИЧ-инфекции совместно с государственными, международными и общественными организациями
8. Проведение эпидемиологических расследований всех выявленных случаев ВИЧ-инфекции и организация мероприятий в очагах, выявление контактных лиц, мониторинг их обследования;
9. Информирование население о путях распространения ВИЧ-инфекции и методах предупреждения заражения через средства массовой информации (телевидение, радио, пресса и сайты через Интернет среди общего населения.