Қостанай облысында АИТВ-инфекциясының алғашқы жағдайы 1993 жылы ақпанда шетелдік азаматта тіркелді. 2000 жылға дейін АИТВ-инфекциясы эпидемияның бастапқы сатысында болды, АИТВ негізгі топтарда тіркеліп, екі топта да 5% - дан аспады. 2000 жылы Қостанай облысында инъекциялық есірткіні тұтынушылар арасында АИТВ-инфекциясының 51 жағдайы және жыныстық қатынас арқылы алғашқы жағдайлар тіркелді.
2004 жылдан бастап облыстағы халықаралық тәжірибені басшылыққа ала отырып, инъекциялық есірткі тұтынушылары үшін шприцтерді алмастыру және сенім пункті ашылды, бұл эпидемиологиялық жағдайды бақылауға алуға мүмкіндік берді. Сондай-ақ, 2004 жылы халықтың негізгі топтарына көрсетілетін қызметтердің сапасын арттыруға мүмкіндік беретін достық кабинет құрылды.
2005 жылдан бастап Қазақстан Республикасында бекітілген халықаралық стандарттарға сәйкес АИТВ-ны жұқтырған ересектер мен балаларға антиретровирустық емдеу енгізілді және ол үнемі жетілдірілуде.
2009 жылы Қостанай облыстық ЖИТС орталығы жеке ғимаратқа ие болды.
 
2011 жылдың ортасынан бастап бір деректер базасы шегінде АИТВ-инфекциясы жағдайларын электрондық бақылау енгізілді, бұл нақты уақыт режимінде бүкіл Қазақстан Республикасы бойынша, сондай-ақ Қазақстан Республикасының әрбір облысы мен жекелеген әкімшілік аумақтары бөлінісінде эпидемиологиялық жағдайды қадағалауға мүмкіндік береді.  
2014 жылы полимеразды тізбекті реакция бөлімшесі ашылды, онда заманауи диагностиканың ең сезімтал және ерекше әдісі арқылы зерттеулер жүргізіледі.