Диагностикалық зертхана 4 бөлімшеден тұрады: иммунофермент талдау бөлімі, иммунология бөлімі, клиникалық-биохимиялық бөлімше және ПТР бөлімшесі. Диагностикалық зертханамен АИТВ-инфекциясына, В және С гепатиттеріне, сифилис және басқа АИТВ-ассоцияланған аурулар, диспансеризациялау кезіндегі лабараторлық талдаулар АИТВ-инфицияланған науқастарды және ЖИТС ауруларын емдеу; дозорлық эпидемиологиялық бақылаудың серологиялық деңгейін өткізу, өткізілетін лабораторлық зерттеулердің сапасын бақылау жүйесін ұйымдастыру, қан сарысуының оң үлгілерін мұрағаттау. ЖИТС ОО лабораториясында өткізілетін зерттеулер электронды жүйесінде талданады, әрбір сынап штрих кодталады, нәтижесі электронды нұсқада беріледі. Лаборатория арналған заманауи құрал жабдықпен қамтылған, АИТВ-инфекциясын диагностикалау, В және С гепатиттерін және оппортунистік ауруларды, науқастарда иммунограмманы анықтау үшін протокты цитометр микроскоп, биохимиялық және гематологиялық зерттеулер үшін автоматты аппараттар. ПТР бөлімшесінде вирустық жүктемені анықтау бойынша зерттеулер жүргізіледі, жыныстық қатынас арқылы берілетін инфекциялар, сапалы гепатиттерді анықтау.Пандемияға байланысты ЖИТС ОО лабораториясы 2020 жылдың қарашасынан бастап COVID 19 зерттеуін жүргізеді.