Эпидемиологиялық бөлім жүйелі түрдегі эпидемиологиялық бақылауды жүзеге асырады, халықтың ключевой топтары арасында АИТВ-инфекциясына далалық алдын алу жұмыстарын жүргізеді. Инъекциялық есірткіні пайдаланатын адамдар, коммерциялық секс қызметкерлері, ерлермен жыныстық қатынасқа түсетін ерлер арасында АИТВ-ның таралуын бағалау.Қауіпті мінез-құлық қауымдастықтарымен байланыс орнатады.
АИТВ-инфекциясымен ауруының эпидемиологиялық талдауын жүргізеді және облыстың аумағында эпидемияға қарсы өткізетін іс-шаралар тиімділігін бағалау.
АИТВ-инфекциясының барлық анықталған жағдайларына эпидемиологиялық тексеру және ошақтарда іс-шаралар ұйымдастыруды, байланыста болған адамдарды анықтауды, оларды зерттеп-қарау мониторингін жүргізеді.
Әрекеттегі бұйрықтарға сәйкес АИТВ-ға халықтың скрининг мониторингін жүргізеді.
Үйлестіру кеңестерінің қызметіне қажетті әдістемелік және практикалық көмек көрсетеді және денсаулық сақтау органдарымен бірлескен жұмысты ұйымдастырады.
Мемлекеттік ұйымдарға, ведомстволарға, ҰҚҰ, қоғамдық ұйымдарға, сонымен қатар педагогтерді, оқушыларды, ата-аналарды, жасөспірімдерді, волонтерлерді және жастарды АИТВ-инфекциясын алдын алу мәселелері бойынша  алдын алу іс-шараларын іске асыруда ұйымдастыру-әдістемелік көмегін көрсетеді.
Мемлекеттік, халықаралық және қоғамдық ұйымдармен бірге АИТВ-инфекциясы эпидемиясына қарсы бойынша бағдарламаларын іске асыруды қамтамасыз етеді.
Донорлық қанды, ткандар, органдар сапасын қамтамасыз ету бойынша әдістемелік басшылық.
Гемотрансфузиядан кейін Реципиенттерді АИТВ-ға тексеру мониторингін және апаттық жағдайлар кезінде зардап шеккен адамдарды АИТВ-ға тексеру мониторингін жүргізеді