Ұйымдастыру-әдістемелік бөлімнің қызметі бағытталған:
1. Орталық жұмысын стратегиялық және жедел жоспарлауды жүзеге асыру, облыстың медициналық ұйымдарымен өзара іс-қимыл жасау және ұйымдастыру, сондай-ақ АИТВ/ЖИТС мәселелері бойынша ведомствоаралық өзара іс-қимыл;
2. Меншік нысанына қарамастан облыстың барлық медициналық ұйымдарына консультациялық, практикалық және ұйымдастыру-әдістемелік көмек көрсету;
3. Профилактикалық іс-шараларды іске асыруда, сондай-ақ АИТВ-инфекциясының алдын алу мәселелері бойынша педагогтерді, оқушыларды, ата-аналарды, жасөспірімдерді, волонтерлер мен жастарды даярлауда мемлекеттік ұйымдарға, ведомстволық, ҮЕҰ-ға және қоғамдық ұйымдарға ұйымдастырушылық-әдістемелік көмек көрсету;
4. Үйлестіру кеңестерінің қызметінде қажетті әдістемелік және практикалық көмек көрсету және денсаулық сақтау органдарымен бірлескен жұмысты ұйымдастыру;
5. Медициналық ұйымдарда клиникалық көрсеткіштер бойынша АИТВ-ға тексеруге жататын контингентті іріктеудің толықтығы мен сапасына талдау жүргізу;
6. Жергілікті атқарушы органдармен, денсаулық сақтау басқармасымен, түрлі ведомстволармен, қоғамдық бірлестіктермен және т. б. бірлесіп АИТВ-инфекциясы мәселесі бойынша ведомствоаралық профилактикалық бағдарламаларды әзірлеуге қатысу.
7. Мемлекеттік, халықаралық және қоғамдық ұйымдармен бірлесіп АИТВ-инфекциясының індетіне қарсы іс-қимыл жөніндегі бағдарламалардың іске асырылуын қамтамасыз ету
8. АИТВ-инфекциясының барлық анықталған жағдайларына эпидемиологиялық тексеру жүргізу және ошақтарда іс-шаралар ұйымдастыру, байланыста болған адамдарды анықтау, оларды зерттеп-қарау мониторингі;
9. Халықты АИТВ-инфекциясының таралу жолдары және жалпы халық арасында бұқаралық ақпарат құралдары (теледидар, радио, баспасөз және интернет арқылы сайттар) арқылы жұқтырудың алдын алу әдістері туралы хабардар ету.